Das Schloß der Ordensritter ließ Johann grundlegend umgestalten. Der westliche Teil wurde sofort beseitigt, weitere Gebäudeteile nach 1536 abgerissen und durch einen Neubau ersetzt. Das Schloß stellt sich nun als dreiflüglige Anlage dar, dessen offene Ostseite durch eine Mauer geschlossen wurde. Im Schloßhof wurden drei Treppentürme geschaffen und auf den Grundmauern des beseitigten Bergfrieds der achteckige, das Schloß überragende und weithin sichtbare Eckturm erbaut. Der Zugang wurde verlegt und erfolgte nun durch das Tor auf der Ostseite.
Nördlich des Schlosses entstanden auf dem neu gewonnenen Gelände Gebäude für die Verwaltung, Hofhaltung sowie Werkstätten und Lagerräume.

In Publikationen des 20.Jh. ist wiederholt das Bild "Taufe Christi durch Johannes" von Lukas Cranach d.J. in dessen Hintergrund eine Stadt zusehen ist, als die erste bildliche Darstellung Küstrins kolpotiert worden. Das Originalbild hing im Berliner Schloß und wurde 1907 von P.Seidel im Hohenzollernjahrbuch gezeigt. Eine Handskizze vom Zeichenlehrer Scheffler, die einen Ausschnitt des Gemäldes darstellt, wurde bis in jüngster Zeit veröffentlicht.
Die Interpretation des Bildes ist inzwischen unstrittig. Es stellt eine Allegorie auf die Einführung der Reformation in Anhalt und Brandenburg dar. Wir sehen Markgraf Johann von Küstrin, der als Brautführer seine Schwester Magarete zur Vermählung mit dem Fürsten Johann IV. von Anhalt-Zerbst nach Dessau begleitet. Johann IV., zunächst eifriger Katholik, nahm später unter dem Einfluß seines Bruders Georg III. von Anhalt-Dessau selbst den lutherischen Glauben an und trieb die Reformation ab 1535 auch in Anhalt voran. So ist das Bild Gedächtnis- und Bekenntnisbild zugleich. Es erinnert nicht nur an die Eheschließung, sondern gedenkt auch des verstorbenen Reformators Martin Luther.

Bei der Stadt im Hintergrund handelt es sich um Dessau, mit dem Stadtschloß und der 1534 vollendeten Marienkirche. Es ist wohl dem Wunschdenken der küstriner Lokalpatrioten geschuldet, warum diese Fehlinterpretation erst in heutiger Zeit hinterfragt wurde.

Anders als sein prunkliebender und verschwenderischer Bruder war Johann tief religiös und verfügte über große Tatkraft sowie einen großen ökonomisch-politischen Verstand. Ihm gelang es, seine Markgrafschaft wirtschaftlich zu stabilisieren und militärisch zu sichern. Mit seinem Regierungsantritt war er zum Protestantismus übergewechselt und 1538 dem Schmalkaldischen Bund beigetreten. Wegen familien-politischer Interessenkonflikte trat er im Schmalkaldischen Krieg allerdings auf die Seite des römisch-deutschen Kaisers Karl V. über, der ihm dafür die freie Religionsausübung in der Neumark zusicherte. Erfolglos hoffte Johann auf den Erwerb des Herzogtums Pommern. Auf dem Reichstag zu Augsburg im Jahr 1548, auf welchem der siegreiche Kaiser das Augsburger Interim diktierte, geriet Markgraf Johann in Konflikt mit Karl V. Johann lehnte das Interim kompromisslos ab und weigerte sich, an der Fronleichnamsprozession teilzunehmen. Er fiel daraufhin beim Kaiser in Ungnade und entging einer Gefangenschaft nur durch Fürsprache von König Ferdinand I. und der kaiserlichen Rücksichtnahme auf seinen kurfürstlichen Bruder Joachim. Nach der Rückkehr in seine Markgrafschaft Brandenburg-Küstrin versetzte Johann diese in den Verteidigungszustand und plante die Bildung einer antihabsburgischen Allianz. Diese kam allerdings nicht zustande. Das Interim machte Johann in seinem Herrschaftsbereich nicht offiziell bekannt.

Der deutschen Fürstenopposition, initiiert von Kurfürst Moritz v. Sachsen und unterstützt von Frankreich, trat er nach einem Streit mit dem sächsischen Kurfürsten im Jahr 1551 auf dem Jagdschloss Lochau nicht bei. Er ließ sich auch nicht von Herzog Albrecht v. Preußen umstimmen. Weiterhin verzichtete Johann 1556 in Abstimmung mit seinem Bruder auf die Markgrafschaft Brandenburg-Kulmbach, auf die er zunächst Ansprüche erhoben hatte.