Nach dem Tod von Hans von Küstrin, der nur 10 Tage nach seinem Bruder starb, wurde die Neumark wieder mit der Kurmark vereint und Küstrin verlor bald wieder den Charakter einer Residenzstadt. Dennoch weilten die Kurfürsten oft in der Stadt und das Schloß, wenn auch unvollendet, bot das repräsentative Ambiente für große Empfänge und Festivitäten. Die früheste Darstellungen des Küstriner Schlosses in Kupferstichen sind 1595 aus Veranlassung von Festlichkeiten entstanden. Erst unter Joachim-Friedrich (1598-1608), der den mit Ziegel gedeckten Ostflügel des Schlosses errichten ließ, erhielt es seine bekannte Gestalt. Von diesem Ostflügel führte ein Gang, welcher auf zwei Pfeilern ruhte, zum herrschaftlichen Chor der Kirche. Dieser Gang blieb bis 1730 erhalten. Küstrin blieb Sitz der neumärkischen Verwaltung und des Gerichts.

Feuerwerk am Schloß 1595 Einzug des Markgrafen Johann Sigismund in das Schloß Küstrin - 1595

Den taktischen Erfordernissen der Festung mußten sich die Bürger der Stadt und umliegenden Dorfer beugen, wovon besonders der Warenverkehr betoffen war. Die alte Oderbrücke wurde abgebrochen und nach Norden verlegt, die neue Oderbrücke wesentlich schmaler gebaut. Polnische, aber auch Frankfurter Kaufleute beschwerten sich über die enge Brücke, auf der es immer wieder zu Zusammenstößen kommt. Der Zugang zur Stadt erfolgte nun "um die halbe Sadt" herum, worüber sich die Festungbürger beim Landesfürsten beklagten, da der Handel und Fremdenverkehr durch die Vorstädte abgefangen wurde. Durch die veränderte Straßenführung ab 1604 sollten diese Einschränkungen wieder zurückgenommen werden.
Da eine Erweiterung der Stadt durch die Festungswerke nicht möglich war, wurden einige herrschaftliche Häuser an die Stadt und Privatleuten abgegeben. 1636 werden nur noch 6 herrschaftliche Häuser erwähnt. Die ungepflasterten Straßen waren oft verschmutzt. Mist wurde auf den Straßen abgelegt und Schweine liefen durch die Stadt. Trotz empfindlicher Strafen wurde die Straßenreinigung durch die Bürger und Bauern oft vernachlässigt. Nicht alle Häuser trugen Ziegeldächer und die hölzernen Schornsteine trugen erheblich zur Brandgefahr bei. Ein Frischwasserkanal sollte von der Warthe durch die Stadt geleitet werden, zur Ausführung kam es jedoch nie. Es befanden sich zwei öffentliche Wasserpumpen auf dem Markt. In den katatrophalen Pestzeiten wurde der städtische Friedhof aus der Stadt verlegt.

Im 30 jährigen Krieg versuchte Kurfürst Georg-Wilhelm durch eine sehr schwankende Politik sein Land aus den Kriegwirren heraus zu halten. Er unterstützte zwar den Kaiser, war jedoch durch verwandschaftliche Beziehungen auch den Protestanten verpflichtet. Mit der Landung auf Usedom am 6. Juli 1630 griff der schwedische König Gustav II. Adolf ins Kampfgeschehen des Krieges ein. Nach der Einnahme der Stadt Gartz an der Oder verfolgten sie den sich zurückziehenden kaiserlichen Feldmarschall Graf von Schaunburg, der sich vor den Toren Küstrins auf dem "Cüstrinschen Damm" - das heutige Küstrin-Kietz, dem Kampf stellte und eine vernichtenden Niederlage erlitt. Schwedenkönig Gustav Adolf forderte vom Kurfürsten die Übergabe der Festung, die bisher von kaiserlichen Verbänden als Stützpunkt genutzt wurde. Von der schwankenden Politik des Kurfürsten Georg-Wilhelm aufgebracht, entsandte Gustav-Adolf zwei Kompanien um die Belagerung der Stadt vorzubereiten.

Am 28. April 1631 drängte Gustav-Adolf auf Überlassung der Festung, deren Umfeld bereits von schwedischen Truppen besetzt und befestigt worden war. Unter schwedischer Besatzung konnte die Stadt und Festung ihrer eigentlichen Aufgabe, dem Schutz der kurfürstlichen Familie, dennoch gerecht werden. Vom Frühjahr 1627 bis zum Sommer 1634 beschützte sie den Thronfolger Friedrich Wilhelm von Brandenburg (1620-88) vor den Wirren des Krieges. Das Fürstentum Brandenburg hatte den schwedischen Truppen ohnehin militärisch nichts entgegenzusetzen und mußte die schwedische Besatzung tolerieren. Während die Mark selbst von kaiserlichen wie schwedischen Truppen verwüstet wurde, wurde der 14-jährige Kurprinz im Juli 1634 in die sicheren Niederlande gesandt, die damals ihr Goldenes Zeitalter erfuhren.

Der spätere Große Kurfürst als Kind 1626 Das Denkmal im Schloßhof erinnert an Friedrich-Wilhelm im Jahre 1634